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合於所得稅法第4條第13款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體（以下稱機關或團體）及其作業組織，依所得稅法第71條之1第3項規定，應辦理結算申報；並依教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下稱免稅適用標準)暨相關法令規定徵免所得稅。
為避免機關或團體不熟悉所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下稱免稅標準)暨相關法令規定，致未依規定報繳稅款，特別就機關或團體所得稅結算申報常見之錯誤或疏漏型態整理分析，提供機關或團體參考：
機關或團體辦理年度結算申報注意事項
- 機關或團體取得政府補助款時，應審視補助款之性質，判斷是否屬「銷售貨物或勞務」收入，補助款如屬須提供相對勞務或服務而取得之代價，即屬於「銷售貨物或勞務」收入；反之，無須提供貨物、勞務或服務之補助款，就非屬「銷售貨物或勞務」之收入。常見機關或團體將提供相對勞務或服務之補助費列為「銷售貨物或勞務」以外之收入，致影響銷售貨物或勞務所得計算之正確性，且虧損及申報扣除年度均需經會計師查核簽證申報。
- 機關或團體辦理各項訓練課程，向參訓學員收取費用；或承辦政府委辦業務，所取得之收入；或舉辦運動賽事、活動所收取之門票收入等，皆屬銷售貨物或勞務之範疇。常見機關或團體將前開銷售貨物或勞務之收入，列為銷售貨物或勞務以外之收入，影響銷售貨物或勞務所得之正確性。
- 機關或團體獲配國內營利事業之股利淨額，不論現金股利或股票股利，均應計入銷售貨物或勞務以外之收入。常見機關或團體漏未將股票股利列為當年度之收入計入分母，致未能正確計算當年度之支出比例。
- 機關或團體成立後受贈之財產，屬免稅標準規定之其他各項收入，但如受贈財產作為登記財產總額之增加並辦妥變更登記者，則可不受免稅標準第2條第1項第8款規定計算60%支出比例之限制。
- 機關或團體購置建物或設備等固定資產，如於購置年度計算課稅所得額時，已將購置成本全額列為「創設目的有關活動之支出」，則該資產不得再將按年提列之折舊額列報為支出，以避免同一筆固定資產成本重複列報支出。
- 機關或團體年度結餘款，依免稅標準規定，將結餘款編列用於次年度起4年內與其創設目的有關活動支出之使用計畫，經主管機關查明同意者，如結餘款使用計畫支出項目、金額或期間有須變更之情形時，機關或團體最遲應於原使用計畫期間屆滿之次日起算3個月內檢附變更後之使用計畫送主管機關查明同意；變更前、後之使用計畫所定結餘款用於與創設目的有關活動支出之期間合計仍以4年為限。
- 免稅適用標準所稱「其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入60%。」（以下稱支出比例），係指按當年度之支出與收入比較核計，以往年度結餘款及動支金額不計入當年度之收入及支出。常見機關或團體於計算支出比例時，將以往年度結餘款列為當年度之收入計入分母，或將以往年度結餘款動支金額列為當年度之支出計入分子，經重新正確計算後當年度支出比例低於收入60%，致不符合免稅適用標準第2條第1項第8款規定。
- 財產總額或當年度收入總額達新臺幣1億元以上之機關或團體，其本身之所得及其附屬作業組織之所得免納所得稅者，除應符合免稅適用標準第2條第1項各款規定外，並應委託經財政部核准為稅務代理人之會計師查核簽證申報。常見機關或團體其當年度收入總額達新臺幣1億元以上，並未委託會計師查核簽證，嗣經稽徵機關輔導並限期補辦，始視為符合免稅適用標準規定。
特別提醒機關或團體，自107年1月1日起因投資國內營利事業所獲配股利或盈餘已非屬免稅收入，應計入其所得額，並依免稅標準規定徵、免所得稅。如有不符合稅法相關規定者，應主動按正確資料向轄區國稅局辦理更正申報，如有應納稅額者，應自動補繳稅款並加計利息，以免遭補稅處罰。
資料來源：財政部