二代健保上路後，對員工與企業的影響
在2013年元旦上路的二代健保新制度，從一開始的以家戶計費到最後修改定案為針對特定六項所得扣繳補充保費，許多民眾或學者、甚至勞工團體都有不少批評，甚至戲稱為「惡代健保」。主要的原因是在於個人特定六項所得的發生對象大都是打工族、SOHO族、或者自由工作者，有作家曾表示二代健保形同處罰SOHO族，雖然透過加入工會來規避補充保費，但工會應該是保障權益的靠山，而不應成為躲保費的地方。加入職業工會雖可避開補充保費，但有時繳納給工會的會費，竟然比補充保費還多！
但無論這些反對的聲音為何，對一家企業來說，關心與了解二代健保新規定絕對不是人事單位的單一責任，而是應該協助HR來針對公司員工進行教育訓練。試想一家百人以上員工的公司，若只有人事單位了解補充保費計算，當某月有發生員工因當年度累計獎金超過當月投保金額四倍而公司代扣補充保費後，員工拿到薪資條的同時，也許人事單位的電話或者E-mail可能都充滿了員工的詢問「為什麼扣了補充保費？」，為了向員工們說明，必須整理出該位同仁當年度的累計獎金歷程，並逐一進行解釋 …
當然，一般同仁未必有辦法自行去了解二代健保的計算方式，所以對內安排基礎教育訓練讓員工了解公司所發放的那些薪資項目會被定義歸類為「獎金」？當超過當月投保金額四倍時，費基如何計算？當然，也必須有系統輔助計算，可在員工有疑問的時候，直接可利用報表進行說明。
而對於企業呢？在二代健保的制度下，企業除了本來就必須負擔一般保費中的投保單位負擔比率60%之外，還必須每月計算當月薪資所得總額是否大於所有受雇員工的投保金額總額。若有則需針對差額多扣繳2%補充保費，且不同於被保險人的規定，投保單位的補充保費沒有上下限。
有相關單位分析過，實施二代健保對於企業的成本負擔影響，簡單來說，「一般保費」成本相較於之前的5.17%，應會調降，但雇主須在經常性以外的薪資費用負擔一定程度的「補充保費」，其衝擊程度將視各企業薪資結構(即固定薪與變動薪之比例)而不同。
獎金佔全薪比例越高的公司，保費成本衝擊越大
舉例來說，假設員工薪資不超過健保投保薪資上限，薪資結構為高底薪低獎金的企業，其衝擊較小，甚至能享受到保費成本微幅下降的好處。如表一所示，固定薪與變動薪比例為90/10的企業，在二代健保施行後，保費成本降低幅度約為原保費的0.8%。
反之，對於薪資結構為低底薪高獎金的企業，保費成本衝擊較大。若以固定薪與變動薪比例為70/30的企業為例，估計保費增加幅度約為11.3%，然而，若更極端地對於獎金佔全薪比例為50%的企業而言，保費成本將增加三分之一(詳表一所示)。
目前看來，對於習以發給高額分紅獎金(或股票)以獎勵員工的本地高科技公司以及提供高額業務獎金的保險業或證券業而言，二代健保施行後的保費成本衝擊相對較大。
實務案例分享
有許多企業內部的權責分工為
- 人事單位 : 凡是受雇的正式員工之薪資所得，皆由HR處理與發放
- 財務單位 : 舉凡非受雇員工所發生之所得，皆由財務單位統一處理與發放。ex.兼職所得、執行業務所得
但這樣的分工，在二代健保制度下可能會對HR單位造成作業上的困擾，因為投保單位的補充保費內所指的「薪資所得總額」是包含了所有公司發放的50所得格式代號之金額，也就是 50薪資所得 (受雇員工，在公司加保) + 50兼職所得 (非受雇員工，非在公司加保) 的總額。
會發現似乎這樣的權責劃分，在計算投保單位補充保費時，對HR來說會是一大困擾，因為人事單位並不知道財務單位發了多少兼職所得金額，必須每月再請財務單位提供資料；反之，對財務單位來說也是一個困擾，必須每月再統整資料提供給HR，如果公司內部的申報作業是統一由HR進行，那麼重工的狀況又更高了。
所以在HRM系統中，可利用權限區分的方式，讓財務單位只擁有登打各類所得津貼單，透過這津貼單可直接就源扣繳被保險人補充保費之外，對於HR來說就可直接在月底利用雇主每月補充保費計算工具來計算是否需要扣繳補充保費，而各類所得的網路申報檔案(txt)也可直接從系統產出進行申報，大大降低了資訊不同步與重工的作業情況。